El Rito Nacional Mexicano, A. C. está organizado como una Asociación Civil, de tal forma que su estructura orgánica descansa en una Asamblea de Socios, quienes delegan la administración de la institución en un Supremo Consejo integrado por nueve socios que son los responsables de poner en práctica cada uno de los acuerdos tomados en el pleno de la asamblea. El Supremo Consejo a su vez, descansa en dos Grandes Ramas: La Rama Simbólica y la Rama Filosófica.
La Rama Simbólica está integrada por cada una de las Muy Respetables Grandes Logias, éstas a su vez se conforman por las Respetables Logias Simbólicas de su jurisdicción. Mientras que la Rama Filosófica está formada por todos los Grandes Consistorios.
Las Muy Respetables Grandes Logias agrupan a su vez a las Respetables Logias Simbólicas, que son los órganos básicos de la Orden. En ellas se trabajan los tres primeros grados de la Masonería: Aprendiz, Compañero y Maestro. Esta Rama Simbólica, basada en los grados de los masones operativos, también es conocida como Masonería Azul.
Los Grandes Consistorios desarrollan los trabajos de la Rama Filosófica de la Orden. En el Rito Nacional Mexicano esta Rama comprende los grados: 4° Maestros Aprobados, 5° Damas y Caballeros del Secreto, 6° Damas y Caballeros del Águila Mexicana, 7° Perfectos Artífices, 8° Grandes Jueces y 9° Grandes Inspectores Generales de la Orden.
